고추재배 농가는 대부분 노지나 시설 등에서 매년 같은 경작지에 고추를 이어짓기(연작)함으로써 작물의 생육과 품질, 수량이 떨어지는 장해 증상을 받고 있다. 이와 같이 같은 작목(가령 고추)을 연속해서 재배하거나 한 두 작기 다른 작물을 재배하고 다시 재배할 경우 또는 같은 속(유전적인 연혁이 가까움) 작물을 연속해서 재배함에 따라 작물 생육환경이 악화되고 이에 따라 나타나는 생육 상의 각종 피해 증상을 통틀어 이어짓기 장해라고 한다. 다른 말로는 연작장해, 기지(忌地)현상이라고 한다.
  채소류는 특히 다른 작물에 비해 비료 시용량이 많으며 작물이 없는 휴작 기간이 짧고 경지이용률이 높아 이어짓기 장해가 많이 발생한다. 표 1에서와 같이 이어짓기의 피해는 작물에 따라서 크게 다른데 연작장해가 거의 없는 양파나 무 등에 비해 10년 이상 피해가 있는 작물이 있다. 고추와 가지 등 많은 열매채소류의 경우 3년에서 7년 가량 같은 작물을 심지 않아야 피해가 발생하지 않을 정도로 오랫동안 이어짓기 장해가 일어나는 것으로 알려져 있다.

  무, 양파, 당근, 고구마 등은 예부터 산지에서 이어짓기를 하고 있지만 이어짓기에 따른 문제가 적고 시비관리가 적절할 경우 품질이 향상되기도 한다. 대체로 벼와 맥류 등 화본과 작물은 이어짓기에 잘 견디고 고추와 토마토 등 가지과 작물과 상추, 쑥갓 등 국화과 작물은 약한 것이 많다. 우엉과 인삼 등 심근성 작물은 이어짓기할수록 독성 물질이 집적되고 병충해가 만연하여 이어짓기 장해가 심하다.
  이어짓기 장해는 아주 다양한 증상을 보이고 피해가 발생했을 경우 문제가 심각하여 단편적인 방법으로는 피해를 극복하기 쉽지 않다. 그러므로 가능한 이어짓기를 피하고 재배작목을 다양화하는 것이 가장 바람직한 해결방법이라고 할 수 있다. 그러나 많은 농가가 이어짓기를 하고 있는 실정이기 때문에 농가 스스로 문제점을 찾아내고 해결 방안은 모색하는 등의 각별한 대책이 필요하다. 특히 친환경 농산물을 생산하는 농가에서는 돌려지을 작물을 선정하고 합리적인 작부체계를 만드는데 유념해야 한다.